Por alguna extraña razón al momento de instalar Eclipse viene con la codificiación de archivos de texto en ANSI por defecto, por lo tanto, todos los archivos que tengamos en UTF-8 se veran con carácteres raros los cuales reemplazarán tus acentos, eñes, etc.
Ahora la solución para que se tenga la codificación correcta es seguir los siguientes pasos magicos:
Preferences -> General -> Content Types , luego selecciona Text en la lista de Content Types y luego en el campo Default Encoding se coloca (escribe) el nombre del formato que se quiera ocupar, que en este caso será UTF-8.
Simple solución que a mas de alguno le va a servir ;)
